Die Wasserfläche selbst, die Uferzonen und das Wassereinzugsgebiet erfüllen wichtige Funktionen im Naturhaushalt. Seen stecken voller Leben: Von den Arten des freien Wassers (zum Beispiel Plankton, Laichkrautgewächse, Fische) über die Bewohner der Uferzonen und Schilfröhrichte (etwa Rohrsänger, Große Rohrdommel, Amphibien, Fischotter) bis hin zu „Nahrungsgästen“ wie dem Seeadler. Besondere Bedeutung haben große, ungestörte Wasserflächen, die Tausenden von Wasservögeln als Rast- und Mauserplätze dienen können.
In den Projekten Schaalsee-Landschaft und Uckermärkische Seen konzentriert sich der WWF auf den Schutz dieser Lebensräume, um über die Ausweisung großflächiger Schutzgebiete die biologische Vielfalt zu sichern.
Die meisten natürlichen Seen in Deutschland verdanken ihre Entstehung der Eiszeit. Gletscher und Schmelzwasser formten Becken und Rinnen, die den Seen ihre heutige Gestalt gaben.